当初、「Atom」のドキュメントは、レポジトリ中にシンプルなものがあるだけであったが、新たに独立したドキュメントページに「Atom Flight Manual」としてまとめられている。
「Atom Flight Manual」の記述には、Asciidocを使用しており、Webページだけでなくダウンロード可能なHTML版、ePub版、mobi版、PDF版も用意する。また、ドキュメントページでは旧バージョンのドキュメントも閲覧できる。
なお、「Atom」のドキュメントはまだ完全なものではないため、GitHubはユーザーコミュニティに対してドキュメント拡充への協力を呼びかけている。
